Comprendre la classification des champignons

La classification des champignons, c’est une manière d’ordonner les espèces de fungi selon des critères qui peuvent être morphologiques, moléculaires, ou bien génétiques ( dites classification phylogénétique). Dans cet article, je vous explique comment fonctionne simplement la classification des champignons, je vous décompose un exemple simple avec Pleurotus ostreatus (le pleurote à huitre) et je finirai par parler des limites de la classification des champignons.

Attention, mesdames et messieurs les puristes, dans cet article à visée éducative je simplifie quelque peu la manière d’aborder la classification, pour que les explications restent pédagogiques, et surtout agréables à appréhender pour des personnes qui sont novices dans ce domaine.

Je ne vous cache pas que je suis d’ailleurs relativement novice dans ce domaine. Donc si vous souhaitez apporter des précisions, n’hésitez pas à le faire en commentaire. 🙂

Comment marche la classification des champignons?

Et bien, les biologistes, au sens général du terme, ont classé les être vivants, dont les champignons, dans les boites, ce que l’on appelle également dans le jargon des taxons. Le nom taxon vient d’ailleurs du grec ancien est signifie ordre, ou bien ordonner des choses.

Les espèces vont donc être classifiées dans des boites de plusieurs niveaux. C’est ce que l’on appelle des rangs taxonomiques. De manière générique, les rangs taxonomiques sont :

• Les règles
  • Les divisions
    • Les classes
      • Les sous-classes ( pas toujours présentent)
        • Les ordres
          • Les clades
            • Les genres
              • Les espèces

Chaque boite renferme les précédentes. Par exemple, une classe va contenir plusieurs ordres, un ordre va lui même contenir plusieurs clades, etc. À l’inverse, une espèce ne peut pas appartenir à plusieurs genre, par exemple.

En fait, les grandes boites taxonomiques contiennent des caractéristiques que l’on retrouve chez énormément d’espèces vivantes, qui peuvent être très différentes. Plus on va descendre dans les rangs taxonomiques, plus les espèces vivantes vont « se ressembler » et plus les critères vont devenir précis. Finalement, jusqu’à arriver à une espèce. Deux individus sont dits d’une même espèce s’ils peuvent avoir une descendance, qui elle même sera féconde.

La manière dont sont classifiées les espèces a évoluée au fils du temps.

La classification Linnéenne des champignons

La première personne à utiliser une classification de de type fut le suédois Carl Von Linné, une naturaliste du 18ème siècle. Ce jeune homme, a été également le premier à poser les bases de ce que l’on appelle la nomenclature binomiale, soit, le fait de nommer une espèce en deux parties, exemple :Pleurotus ostreatus.

Ce qu’il faut retenir, c’est que dans la classification Linéenne, on a beaucoup utilisé les ressemblances morphologiques pour classer les individus entre eux. On parle également de ressemblances macroscopiques, mais la naissance du microscope est venue troubler cette manière de classifier.

En effet, aujourd’hui, les champignons peuvent être identifiés par des caractères très petits, dits microscopiques. Notamment par observation des spores, qui donne de précieux indices sur les genres et les espèces. C’est comme cela que certaines espèces uniques ont été divisées en deux et reclassifiées par observation de spores complémentaires différentes.

Mais ce qui a vraiment bouleversé la classification linnéenne, c’est l’apparition de nouvelles techniques de laboratoire.

La classification phylogénétique des champignons

Aujourd’hui, on utilise de plus en plus la classification phylogénétique, qui utilise des méthodes plus récentes, comme la biologie moléculaire.

Dans le cas de la biologie moléculaire on va chercher à isoler des molécules présentes dans le champignon et les comparer avec un autre champignon ou bien analyser directement l’ADN de plusieurs espèces, les comparer, et établir des liens de parentés en fonction d’un certain nombre de marqueurs génétiques que l’on retrouvera, chez l’une et chez l’autre.

La classification des champignons, et plus largement de toutes les espèces, est aujourd’hui en mouvement en fonction des nouvelles découvertes qui sont faites chaque année.

La classification des champignons en pratique

Pour vous expliquer un peu comment fonctionne, en pratique, la classification des champignons, on va prendre comme exemple notre Pleurotus ostreatus.

Il est classé comme cela :

• Empire : Eukaryota
  • Règne : Fungi
    • Division : Basidiomycota
      • Classe : Agaricomycetes
        • Sous-classe : Agaricomycetidae
          • Ordre : Agaricales
            • Famille : Pleurotaceae
              • Genre : Pleurotus
                • Espèce : Pleurotus ostreatus

Alors, pour chaque rang taxonomique, je vais vous donner rapidement les critères qui permettent de faire rentrer Pleurotus ostreatus dans chacune de ces boites. Vous allez voir au début on est dans des critères très larges, puis on avance peu à peu dans des caractères précis.

L’empire Eukaryota

Alors les biologistes, phylogénistes et autres chercheurs ont divisé tous les êtres vivants en 2 empires. Celui des Procaryotes et des Eucaryotes.

Voyons d’abord les Eucaryotes. Le mot Eukaryota provient du grec « eu » qui veut dire « vrai » et « karyon » qui veut dire « noyau ». Donc, tous les êtres vivant qui appartiennent à ce règne ont un vrai noyau dans leurs cellules. Nos pleurotes se trouvent dans ce rang taxonomique, et nous aussi d’ailleurs.

Les Procaryotes, provient du latin pro, « avant », et du grec karyon, « noyau » c’est tout les organismes unicellulaire qui ne possèdent pas de noyau au sens biologique du terme. En gros ce sont les bactéries. Il y a par exemple la Spiruline (Arthrospira platensis) qui fait partie de cet empire.

Et dans cet empire des Eucaryotes, on trouve des règnes, notamment celui des Fungis.

Le règne : Fungi

Il y a le règne des Animaux, des végétaux, les chromistes (qui sont des algues unicellulaires), des protozoaires (ce sont littéralement les premiers animaux à s’être formés et ils sont également unicellulaire). Et enfin dans l’empire des Eucaryotes ,on trouve, le règne des Champignons, dans lequel ce trouve quelque part nos pleurotes à huitre !

C’est un règne où les espèces qui le composent ne sont ni des plantes, ni des animaux. Ce sont des organismes qui ne font pas la photosynthèse, mais qui sont fixes comme les plantes. Autres caractéristiques intéressantes, ils se nourrissent par absorption et non par ingestion. Bref, je vais en rester là parce qu’il y aurait bien trop à dire.

Enfin, dans le règne des Fungis, on trouve des divisions, donc une division qui nous intéresse particulièrement, la division Basidiomycota.

La division : Basidiomycota

C’est dans la division des Basidiomycètes que nous retrouvons donc notre pleurote à huitre. C’est un vaste embranchement qui regroupe les champignons que nous appelons à chapeau et cette division est caractérisée par des spores formées à l’extrémité de cellules spécialisées, les basides ! D’où le nom de cet embranchement : Basidiomycota.

À ce niveau de rang taxonomique, on retrouve par exemple, la division des Ascomycota, ici leurs spores se forment dans un asque et non d’un baside. Dans cette division des Ascomycota, on y retrouve les fameuses morilles.

Donc, les divisions, elles, contiennent des classes, et on arrive à la classe des Agaricomycetes !

La classe des Agaricomycetes

C’est un rang taxonomique qui a été constitué principalement à l’aide de caractères et de données issues de l’analyse moléculaire. Cette classe contient à elle seule une vingtaine d’ordres, une centaine de famille, 1 100 genres et environ 21.000 espèces de champignons.

J’omets volontairement la sous-classe des Agaricomycetidae (à laquelle l’espèce de pleurote appartient également) car elle a également été créée quasiment uniquement sur base d’analyses moléculaires. De plus, tous les champignons ne possèdent pas de sous-classe. En poursuivant notre classification, notre Pleurotus ostreatus se retrouve dans l’ordre des Agaricales.

L’ordre des Agaricales

C’est un ordre qui regroupe les Euagarics, c’est à dire les « vrais » agarics. Il s’agit essentiellement de champignons à lames sous le chapeau, comme notre pleurote. Mais il est vrai que l’on retrouve quelques champignons sans lame dans ce groupe..!

Par exemple à ce rang, le cèpe de Bordeaux se trouve dans les Bolétales, car lui, possède des pores et non des lames sous le chapeau. Il fait également partie de la classe des Agaricomycetes.

Poursuivons. Donc les ordres contiennent des Familles, dans notre cas on arrive à la famille des Pleurotaceae.

Famille des Pleurotaceae

C’est une famille de champignon de taille petite à moyenne qui a les spores blanche. Ce qui est le cas de notre Pleurotus ostreatus.

Au même niveau de rang taxonomique, on retrouve par exemple la famille des Amanitaceae, qui contiennent entre autres, des amanites, avec très souvent une volve ou/et un anneau, et qui appartiennent également à l’ordre des Agaricales.

Dans cette famille des Pleurotaceae, on retrouve 5 genres et 94 espèces à l’heure où je vous parle, dont le genre Pleurotus !

Le Genre Pleurotus

C’est un rang taxonomique qui regroupe des champignons dits de forme « pleurotoïde« , c’est à dire avec le pied excentré par rapport au chapeau, comme notre Pleurotus ostreatus.

Enfin, le genre Pleurotus contient donc les espèces de Pleurote.

L’espèce Pleurotus ostreatus

Il y a énormément de caractères différents qui distingue Pleurotus ostreatus des autres espèces de Pleurotes ( son substrat, sa température de croissance, sa couleur, etc)

Je me répète, mais, deux champignons sont de la même espèce lorsqu’ils peuvent former une descendance féconde.

Donc, comme vous vous en doutez, les différentes espèces de pleurote, comme Pleurotus citrinopileatus, Pleurotus djamor, Pleurotus pulmonarius ou encore Pleurotus eriingy, font partie du même genre et partagent tous les rangs taxonomiques supérieurs avec Pleurotus ostreatus.

Les Limites de la classification des champignons

La classification phylogénétique a donc eu un impact sur la classification Linnéenne, qui se basait principalement sur les ressemblances morphologiques des espèces.

On a donc eu l’apparition de sous-classe, de sous-ordre, etc… Mais dans l’avenir, il est très possible qu’il apparaisse de nouveaux rangs taxonomiques que l’on devra placer entre des rangs déjà existant, comme c’est déjà le cas avec les clades, rendant la classification des champignons encore plus complexe.

Hélas, je crois que c’est peine perdue de chercher à classer le vivant dans des tiroirs moléculaires ou bien génétiques, si ce n’est de reconnaitre très précisément leurs positions relatives, les uns par rapport aux autres. Cette remarque ne concerne que moi.

La classification Linnéenne a elle, l’avantage de prendre en compte des caractères visuels pour classer les individus entre eux, même si pour le coup, les ressemblances morphologiques ne veulent pas forcément dire « lien de parenté ».

Finalement, aucune des classifications n’est parfaite et ne le sera surement jamais…

Merci à Yves Cestac, président de la Société Mycologique du Béarn de m’avoir aidé à éclaircir ma compréhension de la classification !

Et vous, dites-moi en commentaire quelle est la classification des champignons qui est la plus adaptée pour vous et pourquoi ? 🙂