Comprendre la classification des champignons

La classification des champignons, c’est une maniĆØre d’ordonner les espĆØces de fungi selon des critĆØres qui peuvent ĆŖtre morphologiques, molĆ©culaires, ou bien gĆ©nĆ©tiques ( dites classification phylogĆ©nĆ©tique). Dans cet article, je vous explique comment fonctionne simplement la classification des champignons, je vous dĆ©compose un exemple simple avec Pleurotus ostreatus (le pleurote Ć  huitre) et je finirai par parler des limites de la classification des champignons.

Attention, mesdames et messieurs les puristes, dans cet article Ć  visĆ©e Ć©ducative je simplifie quelque peu la maniĆØre d’aborder la classification, pour que les explications restent pĆ©dagogiques, et surtout agrĆ©ables Ć  apprĆ©hender pour des personnes qui sont novices dans ce domaine.

Je ne vous cache pas que je suis d’ailleurs relativement novice dans ce domaine. Donc si vous souhaitez apporter des prĆ©cisions, n’hĆ©sitez pas Ć  le faire en commentaire. šŸ™‚

Comment marche la classification des champignons?

Et bien, les biologistes, au sens gĆ©nĆ©ral du terme, ont classĆ© les ĆŖtre vivants, dont les champignons, dans les boites, ce que l’on appelle Ć©galement dans le jargon des taxons. Le nom taxon vient d’ailleurs du grec ancien est signifie ordre, ou bien ordonner des choses.

Les espĆØces vont donc ĆŖtre classifiĆ©es dans des boites de plusieurs niveaux. C’est ce que l’on appelle des rangs taxonomiques. De maniĆØre gĆ©nĆ©rique, les rangs taxonomiques sont :

  • Les rĆØgles
    • Les divisions
      • Les classes
        • Les sous-classes ( pas toujours prĆ©sentent)
          • Les ordres
            • Les clades
              • Les genres
                • Les espĆØces

Chaque boite renferme les prĆ©cĆ©dentes. Par exemple, une classe va contenir plusieurs ordres, un ordre va lui mĆŖme contenir plusieurs clades, etc. ƀ l’inverse, une espĆØce ne peut pas appartenir Ć  plusieurs genre, par exemple.

En fait, les grandes boites taxonomiques contiennent des caractĆ©ristiques que l’on retrouve chez Ć©normĆ©ment d’espĆØces vivantes, qui peuvent ĆŖtre trĆØs diffĆ©rentes. Plus on va descendre dans les rangs taxonomiques, plus les espĆØces vivantes vont « se ressemblerĀ Ā» et plus les critĆØres vont devenir prĆ©cis. Finalement, jusqu’Ć  arriver Ć  une espĆØce. Deux individus sont dits d’une mĆŖme espĆØce s’ils peuvent avoir une descendance, qui elle mĆŖme sera fĆ©conde.

La manière dont sont classifiées les espèces a évoluée au fils du temps.

La classification LinnƩenne des champignons

La premiĆØre personne Ć  utiliser une classification de de type fut le suĆ©dois Carl Von LinnĆ©, une naturaliste du 18ĆØme siĆØcle. Ce jeune homme, a Ć©tĆ© Ć©galement le premier Ć  poser les bases de ce que l’on appelle la nomenclature binomiale, soit, le fait de nommer une espĆØce en deux parties, exemple :Pleurotus ostreatus.

Ce qu’il faut retenir, c’est que dans la classification LinĆ©enne, on a beaucoup utilisĆ© les ressemblances morphologiques pour classer les individus entre eux. On parle Ć©galement de ressemblances macroscopiques, mais la naissance du microscope est venue troubler cette maniĆØre de classifier.

Les myciculteurs qui ont lu cet article ont aussi lu  L’initiation des Primordias : Qu'est-ce que c'est et comment la provoquer ?

En effet, aujourd’hui, les champignons peuvent ĆŖtre identifiĆ©s par des caractĆØres trĆØs petits, dits microscopiques. Notamment par observation des spores, qui donne de prĆ©cieux indices sur les genres et les espĆØces. C’est comme cela que certaines espĆØces uniques ont Ć©tĆ© divisĆ©es en deux et reclassifiĆ©es par observation de spores complĆ©mentaires diffĆ©rentes.

Mais ce qui a vraiment bouleversĆ© la classification linnĆ©enne, c’est l’apparition de nouvelles techniques de laboratoire.

La classification phylogƩnƩtique des champignons

Aujourd’hui, on utilise de plus en plus la classification phylogĆ©nĆ©tique, qui utilise des mĆ©thodes plus rĆ©centes, comme la biologie molĆ©culaire.

Dans le cas de la biologie molĆ©culaire on va chercher Ć  isoler des molĆ©cules prĆ©sentes dans le champignon et les comparer avec un autre champignon ou bien analyser directement l’ADN de plusieurs espĆØces, les comparer, et Ć©tablir des liens de parentĆ©s en fonction d’un certain nombre de marqueurs gĆ©nĆ©tiques que l’on retrouvera, chez l’une et chez l’autre.

La classification des champignons, et plus largement de toutes les espĆØces, est aujourd’hui en mouvement en fonction des nouvelles dĆ©couvertes qui sont faites chaque annĆ©e.

La classification des champignons en pratique

Pour vous expliquer un peu comment fonctionne, en pratique, la classification des champignons, on va prendre comme exemple notre Pleurotus ostreatus.

Il est classƩ comme cela :

  • Empire : Eukaryota
    • RĆØgne : Fungi
      • Division : Basidiomycota
        • Classe : Agaricomycetes
          • Sous-classe : Agaricomycetidae
            • Ordre : Agaricales
              • Famille : Pleurotaceae
                • Genre : Pleurotus
                  • EspĆØce : Pleurotus ostreatus

Alors, pour chaque rang taxonomique, je vais vous donner rapidement les critères qui permettent de faire rentrer Pleurotus ostreatus dans chacune de ces boites. Vous allez voir au début on est dans des critères très larges, puis on avance peu à peu dans des caractères précis.

L’empire Eukaryota

Alors les biologistes, phylogénistes et autres chercheurs ont divisé tous les êtres vivants en 2 empires. Celui des Procaryotes et des Eucaryotes.

L'empire des Procaryote et des Eucaryote sont classés au même rang taxonomique
Les Empires

Voyons d’abord les Eucaryotes. Le mot Eukaryota provient du grec « euĀ Ā» qui veut dire Ā« vrai Ā» et « karyonĀ Ā» qui veut dire Ā« noyau Ā». Donc, tous les ĆŖtres vivant qui appartiennent Ć  ce rĆØgne ont un vrai noyau dans leurs cellules. Nos pleurotes se trouvent dans ce rang taxonomique, et nous aussi d’ailleurs.

Les Procaryotes, provient du latin pro, Ā« avant Ā», et du grec karyon, Ā« noyau Ā» c’est tout les organismes unicellulaire qui ne possĆØdent pas de noyau au sens biologique du terme. En gros ce sont les bactĆ©ries. Il y a par exemple la Spiruline (Arthrospira platensis) qui fait partie de cet empire.

Et dans cet empire des Eucaryotes, on trouve des rĆØgnes, notamment celui des Fungis.

Le rĆØgne : Fungi

Il y a le rĆØgne des Animaux, des vĆ©gĆ©taux, les chromistes (qui sont des algues unicellulaires), des protozoaires (ce sont littĆ©ralement les premiers animaux Ć  s’être formĆ©s et ils sont Ć©galement unicellulaire). Et enfin dans l’empire des Eucaryotes ,on trouve, le rĆØgne des Champignons, dans lequel ce trouve quelque part nos pleurotes Ć  huitre !

Dans la classification, le rĆØgne des fungis est le rĆØgne qui regroupe tous les champignons
Le rĆØgne

C’est un rĆØgne où les espĆØces qui le composent ne sont ni des plantes, ni des animaux. Ce sont des organismes qui ne font pas la photosynthĆØse, mais qui sont fixes comme les plantes. Autres caractĆ©ristiques intĆ©ressantes, ils se nourrissent par absorption et non par ingestion. Bref, je vais en rester lĆ  parce qu’il y aurait bien trop Ć  dire.

Les myciculteurs qui ont lu cet article ont aussi lu  Introduction aux substrats compostĆ©s

Enfin, dans le règne des Fungis, on trouve des divisions, donc une division qui nous intéresse particulièrement, la division Basidiomycota.

La division : Basidiomycota

C’est dans la division des BasidiomycĆØtes que nous retrouvons donc notre pleurote Ć  huitre. C’est un vaste embranchement qui regroupe les champignons que nous appelons Ć  chapeau et cette division est caractĆ©risĆ©e par des spores formĆ©es Ć  l’extrĆ©mitĆ© de cellules spĆ©cialisĆ©es, les basides ! D’où le nom de cet embranchement : Basidiomycota.

Dans la classification des champignons, Basidiomycota et ascomycota sont au mĆŖme rang taxonomique
Les divisions

ƀ ce niveau de rang taxonomique, on retrouve par exemple, la division des Ascomycota, ici leurs spores se forment dans un asque et non d’un baside. Dans cette division des Ascomycota, on y retrouve les fameuses morilles.

Donc, les divisions, elles, contiennent des classes, et on arrive Ć  la classe des Agaricomycetes !

La classe des Agaricomycetes

C’est un rang taxonomique qui a Ć©tĆ© constituĆ© principalement Ć  l’aide de caractĆØres et de donnĆ©es issues de l’analyse molĆ©culaire. Cette classe contient Ć  elle seule une vingtaine d’ordres, une centaine de famille, 1 100 genres et environ 21.000 espĆØces de champignons.

Les agaricomycetes sont une classe de champignons basƩe sur les analyses molƩculaires
Les classes

J’omets volontairement la sous-classe des Agaricomycetidae (Ć  laquelle l’espĆØce de pleurote appartient Ć©galement) car elle a Ć©galement Ć©tĆ© crƩƩe quasiment uniquement sur base d’analyses molĆ©culaires. De plus, tous les champignons ne possĆØdent pas de sous-classe. En poursuivant notre classification, notre Pleurotus ostreatus se retrouve dans l’ordre des Agaricales.

L’ordre des Agaricales

C’est un ordre qui regroupe les Euagarics, c’est Ć  dire les « vraisĀ Ā» agarics. Il s’agit essentiellement de champignons Ć  lames sous le chapeau, comme notre pleurote. Mais il est vrai que l’on retrouve quelques champignons sans lame dans ce groupe..!

Les ordres des Agaricales et des Boletales diverges par ce qui se trouve sous le chapeau !
Les ordres

Par exemple à ce rang, le cèpe de Bordeaux se trouve dans les Bolétales, car lui, possède des pores et non des lames sous le chapeau. Il fait également partie de la classe des Agaricomycetes.

Poursuivons. Donc les ordres contiennent des Familles, dans notre cas on arrive Ć  la famille des Pleurotaceae.

Famille des Pleurotaceae

C’est une famille de champignon de taille petite Ć  moyenne qui a les spores blanche. Ce qui est le cas de notre Pleurotus ostreatus.

Dans la classification des champignons, les familles des amanitaceae et des pleurotaceae se trouve au mĆŖme niveau de rang taxonomique
Les Familles

Au mĆŖme niveau de rang taxonomique, on retrouve par exemple la famille des Amanitaceae, qui contiennent entre autres, des amanites, avec trĆØs souvent une volve ou/et un anneau, et qui appartiennent Ć©galement Ć  l’ordre des Agaricales.

Dans cette famille des Pleurotaceae, on retrouve 5 genres et 94 espĆØces Ć  l’heure où je vous parle, dont le genre Pleurotus !

Le Genre Pleurotus

C’est un rang taxonomique qui regroupe des champignons dits de forme « pleurotoĆÆde« , c’est Ć  dire avec le pied excentrĆ© par rapport au chapeau, comme notre Pleurotus ostreatus.

Dans la classification des champignons le genre pleurotus contient des champignons de forme, dite pleurotoĆÆdes
Les genres

Enfin, le genre Pleurotus contient donc les espĆØces de Pleurote.

L’espĆØce Pleurotus ostreatus

Il y a énormément de caractères différents qui distingue Pleurotus ostreatus des autres espèces de Pleurotes ( son substrat, sa température de croissance, sa couleur, etc)

L'espĆØre est le niveau taxonomique classique le plus bas, bien qu'on pourrait placer les variants en suivant.
Les espĆØces

Je me rĆ©pĆØte, mais, deux champignons sont de la mĆŖme espĆØce lorsqu’ils peuvent former une descendance fĆ©conde.

Donc, comme vous vous en doutez, les différentes espèces de pleurote, comme Pleurotus citrinopileatus, Pleurotus djamor, Pleurotus pulmonarius ou encore Pleurotus eriingy, font partie du même genre et partagent tous les rangs taxonomiques supérieurs avec Pleurotus ostreatus.

Les Limites de la classification des champignons

La classification phylogénétique a donc eu un impact sur la classification Linnéenne, qui se basait principalement sur les ressemblances morphologiques des espèces.

Les myciculteurs qui ont lu cet article ont aussi lu  Qu'est-ce que le MycĆ©lium? Nature, utilisations et Ć©cosystĆØmes

On a donc eu l’apparition de sous-classe, de sous-ordre, etc… Mais dans l’avenir, il est trĆØs possible qu’il apparaisse de nouveaux rangs taxonomiques que l’on devra placer entre des rangs dĆ©jĆ  existant, comme c’est dĆ©jĆ  le cas avec les clades, rendant la classification des champignons encore plus complexe.

HĆ©las, je crois que c’est peine perdue de chercher Ć  classer le vivant dans des tiroirs molĆ©culaires ou bien gĆ©nĆ©tiques, si ce n’est de reconnaitre trĆØs prĆ©cisĆ©ment leurs positions relatives, les uns par rapport aux autres. Cette remarque ne concerne que moi.

La classification LinnĆ©enne a elle, l’avantage de prendre en compte des caractĆØres visuels pour classer les individus entre eux, mĆŖme si pour le coup, les ressemblances morphologiques ne veulent pas forcĆ©ment dire « lien de parenté ».

Finalement, aucune des classifications n’est parfaite et ne le sera surement jamais…

Merci Ć  Yves Cestac, prĆ©sident de la SociĆ©tĆ© Mycologique du BĆ©arn de m’avoir aidĆ© Ć  Ć©claircir ma comprĆ©hension de la classification !

Et vous, dites-moi en commentaire quelle est la classification des champignons qui est la plus adaptĆ©e pour vous et pourquoi ? šŸ™‚

Si vous avez aprécié mon article vous êtes libre de le partager!

Laisser un commentaire