Comprendre la classification des champignons

La classification des champignons, c’est une manière d’ordonner les espèces de fungi selon des critères qui peuvent ĂŞtre morphologiques, molĂ©culaires, ou bien gĂ©nĂ©tiques ( dites classification phylogĂ©nĂ©tique). Dans cet article, je vous explique comment fonctionne simplement la classification des champignons, je vous dĂ©compose un exemple simple avec Pleurotus ostreatus (le pleurote Ă  huitre) et je finirai par parler des limites de la classification des champignons.

Attention, mesdames et messieurs les puristes, dans cet article Ă  visĂ©e Ă©ducative je simplifie quelque peu la manière d’aborder la classification, pour que les explications restent pĂ©dagogiques, et surtout agrĂ©ables Ă  apprĂ©hender pour des personnes qui sont novices dans ce domaine.

Je ne vous cache pas que je suis d’ailleurs relativement novice dans ce domaine. Donc si vous souhaitez apporter des prĂ©cisions, n’hĂ©sitez pas Ă  le faire en commentaire. 🙂

Comment marche la classification des champignons?

Et bien, les biologistes, au sens gĂ©nĂ©ral du terme, ont classĂ© les ĂŞtre vivants, dont les champignons, dans les boites, ce que l’on appelle Ă©galement dans le jargon des taxons. Le nom taxon vient d’ailleurs du grec ancien est signifie ordre, ou bien ordonner des choses.

Les espèces vont donc ĂŞtre classifiĂ©es dans des boites de plusieurs niveaux. C’est ce que l’on appelle des rangs taxonomiques. De manière gĂ©nĂ©rique, les rangs taxonomiques sont :

  • Les règles
    • Les divisions
      • Les classes
        • Les sous-classes ( pas toujours prĂ©sentent)
          • Les ordres
            • Les clades
              • Les genres
                • Les espèces

Chaque boite renferme les prĂ©cĂ©dentes. Par exemple, une classe va contenir plusieurs ordres, un ordre va lui mĂŞme contenir plusieurs clades, etc. Ă€ l’inverse, une espèce ne peut pas appartenir Ă  plusieurs genre, par exemple.

En fait, les grandes boites taxonomiques contiennent des caractĂ©ristiques que l’on retrouve chez Ă©normĂ©ment d’espèces vivantes, qui peuvent ĂŞtre très diffĂ©rentes. Plus on va descendre dans les rangs taxonomiques, plus les espèces vivantes vont « se ressembler » et plus les critères vont devenir prĂ©cis. Finalement, jusqu’Ă  arriver Ă  une espèce. Deux individus sont dits d’une mĂŞme espèce s’ils peuvent avoir une descendance, qui elle mĂŞme sera fĂ©conde.

La manière dont sont classifiées les espèces a évoluée au fils du temps.

La classification Linnéenne des champignons

La première personne à utiliser une classification de de type fut le suédois Carl Von Linné, une naturaliste du 18ème siècle. Ce jeune homme, a été également le premier à poser les bases de ce que l’on appelle la nomenclature binomiale, soit, le fait de nommer une espèce en deux parties, exemple :Pleurotus ostreatus.

Ce qu’il faut retenir, c’est que dans la classification Linéenne, on a beaucoup utilisé les ressemblances morphologiques pour classer les individus entre eux. On parle également de ressemblances macroscopiques, mais la naissance du microscope est venue troubler cette manière de classifier.

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En effet, aujourd’hui, les champignons peuvent ĂŞtre identifiĂ©s par des caractères très petits, dits microscopiques. Notamment par observation des spores, qui donne de prĂ©cieux indices sur les genres et les espèces. C’est comme cela que certaines espèces uniques ont Ă©tĂ© divisĂ©es en deux et reclassifiĂ©es par observation de spores complĂ©mentaires diffĂ©rentes.

Mais ce qui a vraiment bouleversĂ© la classification linnĂ©enne, c’est l’apparition de nouvelles techniques de laboratoire.

La classification phylogénétique des champignons

Aujourd’hui, on utilise de plus en plus la classification phylogénétique, qui utilise des méthodes plus récentes, comme la biologie moléculaire.

Dans le cas de la biologie moléculaire on va chercher à isoler des molécules présentes dans le champignon et les comparer avec un autre champignon ou bien analyser directement l’ADN de plusieurs espèces, les comparer, et établir des liens de parentés en fonction d’un certain nombre de marqueurs génétiques que l’on retrouvera, chez l’une et chez l’autre.

La classification des champignons, et plus largement de toutes les espèces, est aujourd’hui en mouvement en fonction des nouvelles dĂ©couvertes qui sont faites chaque annĂ©e.

La classification des champignons en pratique

Pour vous expliquer un peu comment fonctionne, en pratique, la classification des champignons, on va prendre comme exemple notre Pleurotus ostreatus.

Il est classé comme cela :

  • Empire : Eukaryota
    • Règne : Fungi
      • Division : Basidiomycota
        • Classe : Agaricomycetes
          • Sous-classe : Agaricomycetidae
            • Ordre : Agaricales
              • Famille : Pleurotaceae
                • Genre : Pleurotus
                  • Espèce : Pleurotus ostreatus

Alors, pour chaque rang taxonomique, je vais vous donner rapidement les critères qui permettent de faire rentrer Pleurotus ostreatus dans chacune de ces boites. Vous allez voir au début on est dans des critères très larges, puis on avance peu à peu dans des caractères précis.

L’empire Eukaryota

Alors les biologistes, phylogénistes et autres chercheurs ont divisé tous les êtres vivants en 2 empires. Celui des Procaryotes et des Eucaryotes.

L'empire des Procaryote et des Eucaryote sont classés au même rang taxonomique
Les Empires

Voyons d’abord les Eucaryotes. Le mot Eukaryota provient du grec « eu » qui veut dire « vrai Â» et « karyon » qui veut dire « noyau Â». Donc, tous les ĂŞtres vivant qui appartiennent Ă  ce règne ont un vrai noyau dans leurs cellules. Nos pleurotes se trouvent dans ce rang taxonomique, et nous aussi d’ailleurs.

Les Procaryotes, provient du latin pro, « avant », et du grec karyon, « noyau » c’est tout les organismes unicellulaire qui ne possèdent pas de noyau au sens biologique du terme. En gros ce sont les bactĂ©ries. Il y a par exemple la Spiruline (Arthrospira platensis) qui fait partie de cet empire.

Et dans cet empire des Eucaryotes, on trouve des règnes, notamment celui des Fungis.

Le règne : Fungi

Il y a le règne des Animaux, des vĂ©gĂ©taux, les chromistes (qui sont des algues unicellulaires), des protozoaires (ce sont littĂ©ralement les premiers animaux Ă  s’être formĂ©s et ils sont Ă©galement unicellulaire). Et enfin dans l’empire des Eucaryotes ,on trouve, le règne des Champignons, dans lequel ce trouve quelque part nos pleurotes Ă  huitre !

Dans la classification, le règne des fungis est le règne qui regroupe tous les champignons
Le règne

C’est un règne oĂą les espèces qui le composent ne sont ni des plantes, ni des animaux. Ce sont des organismes qui ne font pas la photosynthèse, mais qui sont fixes comme les plantes. Autres caractĂ©ristiques intĂ©ressantes, ils se nourrissent par absorption et non par ingestion. Bref, je vais en rester lĂ  parce qu’il y aurait bien trop Ă  dire.

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Enfin, dans le règne des Fungis, on trouve des divisions, donc une division qui nous intéresse particulièrement, la division Basidiomycota.

La division : Basidiomycota

C’est dans la division des Basidiomycètes que nous retrouvons donc notre pleurote Ă  huitre. C’est un vaste embranchement qui regroupe les champignons que nous appelons Ă  chapeau et cette division est caractĂ©risĂ©e par des spores formĂ©es Ă  l’extrĂ©mitĂ© de cellules spĂ©cialisĂ©es, les basides ! D’oĂą le nom de cet embranchement : Basidiomycota.

Dans la classification des champignons, Basidiomycota et ascomycota sont au mĂŞme rang taxonomique
Les divisions

Ă€ ce niveau de rang taxonomique, on retrouve par exemple, la division des Ascomycota, ici leurs spores se forment dans un asque et non d’un baside. Dans cette division des Ascomycota, on y retrouve les fameuses morilles.

Donc, les divisions, elles, contiennent des classes, et on arrive Ă  la classe des Agaricomycetes !

La classe des Agaricomycetes

C’est un rang taxonomique qui a Ă©tĂ© constituĂ© principalement Ă  l’aide de caractères et de donnĂ©es issues de l’analyse molĂ©culaire. Cette classe contient Ă  elle seule une vingtaine d’ordres, une centaine de famille, 1 100 genres et environ 21.000 espèces de champignons.

Les agaricomycetes sont une classe de champignons basée sur les analyses moléculaires
Les classes

J’omets volontairement la sous-classe des Agaricomycetidae (Ă  laquelle l’espèce de pleurote appartient Ă©galement) car elle a Ă©galement Ă©tĂ© crĂ©Ă©e quasiment uniquement sur base d’analyses molĂ©culaires. De plus, tous les champignons ne possèdent pas de sous-classe. En poursuivant notre classification, notre Pleurotus ostreatus se retrouve dans l’ordre des Agaricales.

L’ordre des Agaricales

C’est un ordre qui regroupe les Euagarics, c’est Ă  dire les « vrais » agarics. Il s’agit essentiellement de champignons Ă  lames sous le chapeau, comme notre pleurote. Mais il est vrai que l’on retrouve quelques champignons sans lame dans ce groupe..!

Les ordres des Agaricales et des Boletales diverges par ce qui se trouve sous le chapeau !
Les ordres

Par exemple à ce rang, le cèpe de Bordeaux se trouve dans les Bolétales, car lui, possède des pores et non des lames sous le chapeau. Il fait également partie de la classe des Agaricomycetes.

Poursuivons. Donc les ordres contiennent des Familles, dans notre cas on arrive Ă  la famille des Pleurotaceae.

Famille des Pleurotaceae

C’est une famille de champignon de taille petite Ă  moyenne qui a les spores blanche. Ce qui est le cas de notre Pleurotus ostreatus.

Dans la classification des champignons, les familles des amanitaceae et des pleurotaceae se trouve au mĂŞme niveau de rang taxonomique
Les Familles

Au mĂŞme niveau de rang taxonomique, on retrouve par exemple la famille des Amanitaceae, qui contiennent entre autres, des amanites, avec très souvent une volve ou/et un anneau, et qui appartiennent Ă©galement Ă  l’ordre des Agaricales.

Dans cette famille des Pleurotaceae, on retrouve 5 genres et 94 espèces Ă  l’heure oĂą je vous parle, dont le genre Pleurotus !

Le Genre Pleurotus

C’est un rang taxonomique qui regroupe des champignons dits de forme « pleurotoĂŻde« , c’est Ă  dire avec le pied excentrĂ© par rapport au chapeau, comme notre Pleurotus ostreatus.

Dans la classification des champignons le genre pleurotus contient des champignons de forme, dite pleurotoĂŻdes
Les genres

Enfin, le genre Pleurotus contient donc les espèces de Pleurote.

L’espèce Pleurotus ostreatus

Il y a énormément de caractères différents qui distingue Pleurotus ostreatus des autres espèces de Pleurotes ( son substrat, sa température de croissance, sa couleur, etc)

L'espère est le niveau taxonomique classique le plus bas, bien qu'on pourrait placer les variants en suivant.
Les espèces

Je me rĂ©pète, mais, deux champignons sont de la mĂŞme espèce lorsqu’ils peuvent former une descendance fĂ©conde.

Donc, comme vous vous en doutez, les différentes espèces de pleurote, comme Pleurotus citrinopileatus, Pleurotus djamor, Pleurotus pulmonarius ou encore Pleurotus eriingy, font partie du même genre et partagent tous les rangs taxonomiques supérieurs avec Pleurotus ostreatus.

Les Limites de la classification des champignons

La classification phylogénétique a donc eu un impact sur la classification Linnéenne, qui se basait principalement sur les ressemblances morphologiques des espèces.

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On a donc eu l’apparition de sous-classe, de sous-ordre, etc… Mais dans l’avenir, il est très possible qu’il apparaisse de nouveaux rangs taxonomiques que l’on devra placer entre des rangs dĂ©jĂ  existant, comme c’est dĂ©jĂ  le cas avec les clades, rendant la classification des champignons encore plus complexe.

HĂ©las, je crois que c’est peine perdue de chercher Ă  classer le vivant dans des tiroirs molĂ©culaires ou bien gĂ©nĂ©tiques, si ce n’est de reconnaitre très prĂ©cisĂ©ment leurs positions relatives, les uns par rapport aux autres. Cette remarque ne concerne que moi.

La classification Linnéenne a elle, l’avantage de prendre en compte des caractères visuels pour classer les individus entre eux, même si pour le coup, les ressemblances morphologiques ne veulent pas forcément dire « lien de parenté ».

Finalement, aucune des classifications n’est parfaite et ne le sera surement jamais…

Merci Ă  Yves Cestac, prĂ©sident de la SociĂ©tĂ© Mycologique du BĂ©arn de m’avoir aidĂ© Ă  Ă©claircir ma comprĂ©hension de la classification !

Et vous, dites-moi en commentaire quelle est la classification des champignons qui est la plus adaptĂ©e pour vous et pourquoi ? 🙂

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