Lorsque l’on débute la culture des champignons, les contaminations sont souvent la première grande source de découragement. On prépare son substrat avec soin, on ensemence avec enthousiasme… et quelques jours plus tard apparaissent des taches vertes, noires ou des odeurs étranges. Beaucoup de débutants pensent alors qu’ils ont « raté » quelque chose sans vraiment comprendre quoi.
En réalité, les contaminations en culture de champignons sont une étape presque normale quand on commence. Elles ne sont pas dues à un manque de talent ou à un mauvais champignon, mais simplement au fait que l’on apprend à travailler avec un organisme vivant dans un environnement qui ne lui est pas exclusivement réservé.
Bonne nouvelle : en comprenant pourquoi les contaminations apparaissent, il devient possible de les réduire très fortement, même avec du matériel simple et à la maison.
Pourquoi les contaminations en culture de champignons posent autant de problèmes ?
En culture de champignons, le mycélium n’évolue jamais dans un environnement stérile. Dès que l’on hydrate un substrat, on crée un milieu chaud, humide et nutritif, idéal non seulement pour le champignon… mais aussi pour tous les micro-organismes concurrents.
Les contaminations en culture de champignons sont problématiques pour plusieurs raisons fondamentales.
Tout d’abord, elles entrent en compétition directe avec le mycélium. Bactéries et moisissures consomment les nutriments du substrat, parfois bien plus rapidement que le champignon cultivé. Certaines moisissures, comme le Trichoderma, peuvent coloniser un substrat en 3 ou 4 jours.
Ensuite, de nombreuses contaminations produisent des molécules antifongiques. Ces composés bloquent ou ralentissent le métabolisme du mycélium, ce qui explique pourquoi certains substrats semblent propres mais cessent brutalement de se développer.
Finalement, les contaminations en culture de champignons entraînent :
- des pertes de substrats,
- une baisse du nombre de champignons que vous récoltez,
- une instabilité des cycles de culture,
- une perte de temps et d’énergie.
Maîtriser les contaminations n’est donc pas un luxe, mais une compétence centrale en myciculture.
Les contaminations en culture de champignons liées au substrat
Le substrat est la première source de contaminations en culture de champignons. Il constitue à la fois la nourriture du mycélium et le principal réservoir potentiel de micro-organismes indésirables.
Chaque matière première possède une charge microbienne naturelle invisible. La paille, exposée en plein champ, est naturellement riche en spores et en bactéries. Une sciure stockée humide ou en extérieur peut déjà être partiellement colonisée avant même son utilisation.
Plus un substrat est :
- riche en nutriments facilement assimilables,
- riche en azote,
- finement broyé,
- fortement humide durant le stockage,
plus il devient sensible aux contaminations lorsqu’on l’utilise pour la culture de champignons.
Choisissez donc toujours des substrats propres, frais, stocker au sec, facile à utiliser comme la paille ou la sciure de conifère pour commencer, et utiliser le en petit quantité pour observer d’éventuel problème pour la suite et pour maximiser les chances de réussite de la suite du processus.
Les contaminations dues à un mauvais traitement du substrat
Le traitement du substrat (pasteurisation ou stérilisation) vise à réduire la pression microbienne afin de donner un avantage compétitif au mycélium.
Lorsque ce traitement est mal maîtrisé, les contaminations en culture de champignons apparaissent très rapidement.
Les erreurs les plus courantes sont :
- une température de traitement trop basse,
- une durée insuffisante,
- une mauvaise homogénéité thermique dans la masse du substrat.
Dans ces conditions, une partie des micro-organismes survit. Une fois le substrat ensemencé, ces contaminants se retrouvent dans un environnement idéal pour proliférer (c’est à dire dans le substrat humide et chez en incubation).
À l’inverse, un sur-traitement peut aussi favoriser les contaminations. Un traitement excessive peut dégrader certains nutriments, qui ne seront plus assimilable par les champignons, cela arrive particulièrement avec des stérilisations sous pression trop longue. Il peut y avoir également un déséquilibrer de la microflore résiduelle durant une pasteurisation trop forte qui va créer des conditions favorables aux bactéries opportunistes après refroidissement.
Le traitement du substrat est donc un équilibre délicat, essentiel pour limiter les contaminations en culture de champignons.
Commencer par traiter des substrats simple avec une pasteurisation thermique et prenez toujours des notes des temps et des températures de traitement que vous faites avec des substrats que vous utilisez pour pouvoir augmenter le temps, augmenter la température ou homogénéisé la chauffe de votre substrat.
Les contaminations en culture de champignons lors de l’ensemencement
L’ensemencement est l’étape la plus critique du cycle de culture. C’est le moment ou vous placer la semence de champignons dans le substrat nutritif qui viens d’être traiter. C’est à ce moment précis que la majorité des contaminations en culture de champignons peuvent être introduits.
Les principales sources de contamination à cette étape sont :
- l’air ambiant, porteur de nombreuses particules et microbes
- les mains du cultivateur, qui en contiennent naturellement
- les outils, s’ils sont laissé à l’air libre
- les surfaces de travail,
- les contenants,
- et parfois l’inoculum lui-même, c’est à dire la semence de champignons.
Plus le substrat est supplémenté, c’est à dire nutritif, plus le niveau d’hygiène requis est élevé. Un ensemencement qui peut fonctionner en conditions simplement propres sur un substrat pauvre, devient risqué sur un substrat riche. Si vous travaillez avez des substrats riches je vous conseil un bec bunsen à minima, voir une hotte à flux laminaire si vous voulez le top du top.
Une contamination introduite à l’ensemencement peut rester invisible plusieurs jours avant de s’exprimer, ce qui donne l’illusion que le problème vient de l’incubation… Pour en déduire si elle provint de l’ensemencement, il faut connaitre les problèmes qui sont en cause durant la phase d’incubation.
Les contaminations pendant la phase d’incubation
La phase d’incubation est le moment où le mycélium colonise le substrat. C’est aussi une période où les contaminations des phases précédents de la culture de champignons deviennent visibles.
Un substrat peut paraître sain pendant plusieurs jours, puis montrer soudainement de la contamination. en fonction de sa teneur, vous pouvez en déduire les erreurs suivantes :
- Contaminations colorée dans les sacs : problèmes d’ensemencement, de traitement ou de substrat. Pour connaitre si le problème viens du duo substrat/traitement ou de l’ensemencement, faites un blanc. C’est à dire un substrat que vous n’ensemencer pas, que vous exposer le moins possible à l’atmosphère. Si lui aussi est contaminé, il y a de grande chance que la contamination provienne de l’ensemencement.
- Contamination colorée avec sac chaud (plus de 28°C) : c’est un problème de thermogénése, les contaminants sont favorisés par une montée en température soudaine du sac. La présence de micro-organisme latent avec la présence de substrat nutritive, comme le son, le foin ou autre suplémentation, et la température générale de l’incubateur en sont très généralement la cause. Conc baisser la température de l’incubateur vers 21°C ou travaillez uniquement avec de la paille et de la sciure le temps de vous faire la main.
- Des zones visqueuses avec odeur anormale : Elles sont généralement présente en bas du sac ou du contenant à cause d’une humidité trop importantes. De ce fait, il y a absence d’oxygène là où il y a un surplus d’eau. Ces conditions permettent à des bactéries dites anaérobies de se développer, c’est dire qui aime l’absence d’oxygène. Et c’est elles qui rendent certaines zones visqueuses et qui relâchent de mauvaises odeurs. Donc diminuez simplement la quantité d’eau.
La plupart des contaminations visibles en incubation sont donc la conséquence d’erreurs survenues plus tôt dans le processus.
Les contaminations en culture de champignons lors de la fructification
La fructification, qui est le moment ou l’on met les champignons dans un environnement favorable pour qu’il dévellopent les fruits que nous allons récolter, est souvent sous-estimée en terme de contaminations.
Il y a deux trois types de contaminations principales ici :
- La contamination présente initialement dans le substrat : Si vous avez laissez incubés des substrats avec la présence même faible d’une contamination visible, le mycélium de champignons peut prendre le dessus, mais il ne faut pas oublier que cette contamination peut également libérer ces spores lorsque les contenants sont ouvertes dans l’atmosphère de la chambre de culture. Jetez donc tous les substrats contaminés lors de la phase d’incubation.
- Les contaminations d’eau de l’humidificateur : Si vous utiliser un brumisateur où tous types d’appareillage pour augmenter l »hygrométrie de votre culture, pensez à bien nettoyer cette eau de manière régulière, car si l’eau se contamine, elle sera diffusée directement sur les champignons. Ce qui donne généralement des champignons jaunes et qui sentent mauvais, ou bien des tâches gluantes sur les chapeaux. Nettoyer donc régulièrement vos champignons.
- Les contaminations des vieux blocs : Si vous laissez longtemps un bloc en chambres de culture, il y a des chances qu’il se contamine avec le temps. La chambre de culture n’est pas un endroit stérile même avec une bonne filtration. Si vous laissez de vieux blocs avec un peu de trichoderma, cette moisissure mycophage, c’est à dire qui mange les champignons, vous avez toutes les chances que quelque unes de ces spores se retrouve rapidement sur vos nouveaux blocs de culture. Pensez donc à enlever immédiatement les blocs contaminés que vous avez identifié.
Conclusion
Les contaminations en culture de champignons font partie intégrante de l’apprentissage. Elles ne signifient pas que vous vous y prenez mal, mais simplement que vous êtes en train de comprendre comment fonctionne un organisme vivant dans un environnement lui aussi plein de vie.
La majorité des contaminations ne viennent pas d’une seule grosse erreur, mais d’un enchaînement de petits déséquilibres : un substrat un peu trop riche, un traitement légèrement insuffisant, un ensemencement trop exposé ou une incubation mal adaptée. En apprenant à identifier à quelle étape le problème apparaît, il devient beaucoup plus facile de corriger le tir lors des cultures suivantes.
Quand on débute, l’objectif n’est pas d’éliminer toutes les contaminations, mais de les réduire progressivement. Travailler avec des substrats simples, en petites quantités, noter ses essais, observer ce qui fonctionne et ce qui ne fonctionne pas permet de progresser rapidement, sans se décourager.
Avec le temps, le mycélium devient plus vigoureux, les gestes plus précis et les erreurs moins fréquentes. La culture des champignons est avant tout une école de l’observation et de la patience. En créant des conditions favorables au champignon plutôt qu’aux contaminants, vous mettez toutes les chances de votre côté pour réussir des cultures saines, régulières et satisfaisantes, même à la maison.
Merci d’avoir lu cet article « Contaminations en culture de champignons : pourquoi elles arrivent (et comment les éviter) » Si vous avez une remarque ou une question, n’hésitez pas à nous laisser un commentaire 🙂
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