Quelles sont les 6 sources de contamination?

Une des clefs du succÚs est connaitre les sources de contamination de nos cultures de champignons. Elles sont nombreuses et faire des erreurs est normal quand on commence à apprendre la culture des champignons. Mais il est aussi important de comprendre ses erreurs pour ne pas les répéter. En trouvant la source, vous pourrez stopper la propagation des contaminants dans la séquence de culture.

Il faut savoir que tous les vecteurs de cultures sont affectĂ©s par le temps d’exposition. C’est Ă  dire, la quantitĂ© de temps durant laquelle le substrat de culture sera en contact potentiel avec une source de contamination.

« La gestion des contaminants peut simplement vous faire entrer ou sortir de la production de champignons »

Tradd Cotter – Organic Mushroom Farming and Mycoremediation

1. Le cultivateur : la plus courante des sources de contamination

Notre peau d’humain est un vĂ©ritable Ă©cosystĂšme. Elle contient de nombreuses bactĂ©ries, champignons et virus. Les peaux mortes qui se dĂ©tachent naturellement de notre corps peuvent devenir un vecteur de contamination. La respiration et le toucher peuvent Ă©galement contribuer Ă  infecter nos substrats de culture.

Pour Ă©viter cette source de contamination vous pouvez porter des gants en latex. Mais si vous prĂ©fĂ©rez travailler Ă  main nue, elles doivent ĂȘtre dĂ©sinfectĂ©es toutes les 20 Ă  30 minutes durant les travaux d’inoculations, et entre chaque procĂ©dure, comme le remplissage d’un nouveau sac d’incubation.

Les bactéries sont une des principales sources de contamination par le vecteur humain
Escherichia coli, naturellement présentes en nombre sur notre peau

2. L’air: la plus vaste des sources de contamination

L’air est une vĂ©ritable mer de contaminants invisibles pour nos yeux. Ils contaminent donc directement le substrat exposĂ©. Une personne qui marche dans la piĂšce oĂč vous cultivez ne dĂ©place pas seulement la masse d’air. Ses pas soulĂšvent la poussiĂšre du sol et crĂ©ent des aĂ©rosols d’infection.

2.1 L’air et le cultivateur

Pour Ă©chapper Ă  la contamination de l’air, si vous le pouvez, Ă©vitez de travailler dehors. Ayez aussi, si possible, plusieurs portes entre votre piĂšce de travaux et l’extĂ©rieur.

La meilleure solution reste de crĂ©er Ă  l’intĂ©rieur de votre piĂšce un flux d’air positif micro filtrĂ©. Un flux d’air positif permet Ă  votre piĂšce d’ĂȘtre gonflĂ© de l’intĂ©rieur par une ventilation aspirant Ă  l’extĂ©rieur. Le micro filtre permet d’obtenir de l’air sain de contaminants. La piĂšce tendra alors naturellement Ă  faire sortir un flux d’air, l’air contaminĂ© ne pourra donc pas rentrer passivement dans votre lieu de travail.

Cependant, si vous ne pouvez pas mettre en place cette solution, la vaporisation aĂ©rienne de dĂ©sinfectant peut la substituer partiellement. Vaporiser de la javel ou de l’alcool Ă  dĂ©sinfecter en l’air permet de capturer une partie des contaminants et de les faire retomber au sol. (Si d’ailleurs vous devez travailler dehors faites-le aprĂšs une pluie.) Attention Ă  ne pas mĂ©langer les dĂ©sinfectants, certains mĂ©langes peuvent causer des problĂšmes d’irrigation des poumons et de la peau. AprĂšs quelque minutes vous pouvez commencer votre routine de travail.

2.2 L’air et les champignons

Lors de la phase de fructification, les champignons rejettent du C02 dans l’air, si la piĂšce est mal ventilĂ©e, cette accumulation de C02 sera favorable au dĂ©veloppement des contaminants. Vous pouvez prĂ©venir cela Ă  l’aide d’une ventilation micro filtrĂ©. Certains cultivateurs utilisent des lampes UV qui s’attaquent Ă  l’ADN des organismes. Cependant elles ne sont efficaces que si les contaminants sont directement exposĂ©s.

2.3 L’air et les contenants

Les contaminations par l’air sur les boites de pĂ©tri sont faciles Ă  repĂ©rer par la forme circulaire qu’elles laissent en pĂ©riphĂ©ries de celle-ci. Lorsque la mĂ©tĂ©o fait varier la pression atmosphĂ©rique, l’air peut se dilater. Du coup, la boite de pĂ©tri peut recevoir de l’air contaminĂ© de l’extĂ©rieur. Pour prĂ©venir cela il suffit de celer les boites avec du cellophane ou de la paraffine.
Les boites de pĂ©tri peuvent Ă©galement ĂȘtre souillĂ©es sur leur face lors de phase d’inoculation, ou pendant que celle ci soit coulĂ©e.

Laissez une boite de pĂ©tri « test » non ouverte et non inoculĂ©e pour savoir plus facilement si la contamination vient de l’air ambiant, de votre manque de prĂ©caution durant l’ensemencement ou de la phase de remplissage des boites.

La gélose est trÚs facilement attente par de nombreux contaminants champignons inclus
Gélose contaminée par des bactéries et des champignons

3. Les substrats

Les substrats sont souvent sources de contaminations lorsqu’ils sont insuffisamment pasteurisĂ©s ou stĂ©rilisĂ©s.
Mais pour amĂ©liorer ces processus, vous pouvez laisser tremper le substrat dans de l’eau durant 2 Ă  24h. Cela permettra de faire germer les endospores que le substrat contient. Celles-ci seront plus facilement dĂ©truites par la chaleur.

Si un de vos substrats est contaminĂ©, jetez-le rapidement. PlutĂŽt en fin de journĂ©e, une fois que vous avez fini vos opĂ©rations de culture pour ne pas risquez de contaminer vos vĂȘtements, surtout s’il s’agit d’un container rĂ©utilisable, et que vous devez en verser le contenu.

Pour savoir si la stĂ©rilisation est en cause, laissez un sac de culture aprĂšs le processus, non ouvert et non inoculĂ©. Si aprĂšs 48 Ă  72h des contaminations apparaissent, c’est que le substrat a Ă©tĂ© trop peu stĂ©rilisĂ©. MĂȘme principe pour la pasteurisation. Pour de gros volumes de substrat la stĂ©rilisation ne pourra jamais ĂȘtre complĂšte, le but Ă©tant de rĂ©duire les contaminations Ă  un niveau qui n’est plus un problĂšme. Donc la colonisation du mycĂ©lium doit ĂȘtre Ă©galement rapide, autour de 2 semaines, lui permettant de prendre de l’avance sur les potentiels infections. Il faut alors chercher le bon compromis entre la durĂ©e de stĂ©rilisation et la vitesse de fructification de la souche cultivĂ©e.

La Sciure est humidifier pour faire germer les endospores
La Sciure est enveloppĂ©e dans un traversin et trempĂ©e dans de l’eau pour permettre la germination des endospores

En savoir plus sur les différents substrat de culture ICI

4. Les outils : un grand classique des sources de contamination

Tous les outils servant Ă  la culture des champignons sont compris. Du scalpel Ă  l’autoclave en passant par le thermomĂštre.
Quand un outil est stĂ©rilisĂ©, il faut bien penser que le rĂ©cipient qui le contient ne l’est pas..
La stĂ©rilisation du matĂ©riel peut se faire par dĂ©sinfection Ă  l’autoclave, Ă  la flamme ou avec des produits chimiques comme l’alcool ou la javel. Les mains de la personne qui transfĂšre les objets doivent aussi ĂȘtre stĂ©riles.

5. L’inoculum

L’inoculum est le tissu qui va ĂȘtre transfĂ©rĂ© dans le substrat Ă  coloniser. Si vous clonez une souche Ă  partir du fruit du champignon, veillez cependant Ă  prĂ©lever une partie interne de celui-ci. L’extĂ©rieur du champignon peut contenir des contaminants. Si votre gĂ©lose est contaminĂ©e, il faut re-isoler votre champignon clonĂ© sur une nouvelle gĂ©lose.

Le mycĂ©lium cultivĂ© peut aussi ĂȘtre infectĂ© dans ses tissus et contaminer donc tout le reste du processus de culture. Cela peut quand mĂȘme ĂȘtre observer sur la vitalitĂ©, le dĂ©veloppement du mycĂ©lium, qui donnent de prĂ©cieux indices sur sa santĂ©.

6. Les unités mobile de contamination

Les unités mobile de contamination sont les macro-organismes qui apportent avec eux la contamination. Ce sont les mouches, les fourmis, les mites, etc. On peut alors les considérer comme des véhicules à bactérie, spore et autre virus. Ils transportent généralement plusieurs contaminants avec eux.

Les mites sont les plus compliquĂ©s Ă  traiter aux vues de leurs petites tailles. Si 10% de vos cultures sont infectĂ©es, alors la seule solution viable est de rĂ©initialiser vos cultures. Tout dĂ©truire et tout nettoyer. Pour cela utilisez deux sceaux de javel, un servant comme rĂ©servoir et l’autre pour essorer les dĂ©truits rĂ©coltĂ©s. Le sol, les murs et le plafond devraient ĂȘtre nettoyer 3 fois pour revenir Ă  une contamination Ă  un niveau gĂ©rable.

Cependant, pour prĂ©venir ces contaminations, des tapis de dĂ©contaminations peuvent ĂȘtre mis en place Ă  l’entrĂ© de votre piĂšce de travail.

Le cultivateur, l’air, le substrat, les outils, l’inoculum et les unitĂ©s mobiles de contamination. Ces 6 sources de contamination que je vous ai prĂ©sentĂ© sont toutes Ă  prendre en compte pour bien rĂ©ussir sa culture de champignons. N’oubliez pas d’utiliser des substrats non ensemencĂ©s Ă  chaque Ă©tapes du processus pour veiller Ă  observer la contamination le plus tĂŽt possible pour y remĂ©dier.

Et vous? Avez-vous dĂ©jĂ  eut des contaminations? Quelles solutions avez-vous trouvĂ© pour y faire face? Dites-le-nous en commentaire 🙂

Si vous avez aprĂ©ciĂ© mon article vous ĂȘtes libre de le partager!

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