Quelles sont les 6 sources de contamination?

Une des clefs du succès est connaitre les sources de contamination de nos cultures de champignons. Elles sont nombreuses et faire des erreurs est normal quand on commence à apprendre la culture des champignons. Mais il est aussi important de comprendre ses erreurs pour ne pas les répéter. En trouvant la source, vous pourrez stopper la propagation des contaminants dans la séquence de culture.

Il faut savoir que tous les vecteurs de cultures sont affectés par le temps d’exposition. C’est à dire, la quantité de temps durant laquelle le substrat de culture sera en contact potentiel avec une source de contamination.

« La gestion des contaminants peut simplement vous faire entrer ou sortir de la production de champignons »

Tradd Cotter – Organic Mushroom Farming and Mycoremediation

1. Le cultivateur : la plus courante des sources de contamination

Notre peau d’humain est un véritable écosystème. Elle contient de nombreuses bactéries, champignons et virus. Les peaux mortes qui se détachent naturellement de notre corps peuvent devenir un vecteur de contamination. La respiration et le toucher peuvent également contribuer à infecter nos substrats de culture.

Pour éviter cette source de contamination vous pouvez porter des gants en latex. Mais si vous préférez travailler à main nue, elles doivent être désinfectées toutes les 20 à 30 minutes durant les travaux d’inoculations, et entre chaque procédure, comme le remplissage d’un nouveau sac d’incubation.

2. L’air: la plus vaste des sources de contamination

L’air est une véritable mer de contaminants invisibles pour nos yeux. Ils contaminent donc directement le substrat exposé. Une personne qui marche dans la pièce où vous cultivez ne déplace pas seulement la masse d’air. Ses pas soulèvent la poussière du sol et créent des aérosols d’infection.

2.1 L’air et le cultivateur

Pour échapper à la contamination de l’air, si vous le pouvez, évitez de travailler dehors. Ayez aussi, si possible, plusieurs portes entre votre pièce de travaux et l’extérieur.

La meilleure solution reste de créer à l’intérieur de votre pièce un flux d’air positif micro filtré. Un flux d’air positif permet à votre pièce d’être gonflé de l’intérieur par une ventilation aspirant à l’extérieur. Le micro filtre permet d’obtenir de l’air sain de contaminants. La pièce tendra alors naturellement à faire sortir un flux d’air, l’air contaminé ne pourra donc pas rentrer passivement dans votre lieu de travail.

Cependant, si vous ne pouvez pas mettre en place cette solution, la vaporisation aérienne de désinfectant peut la substituer partiellement. Vaporiser de la javel ou de l’alcool à désinfecter en l’air permet de capturer une partie des contaminants et de les faire retomber au sol. (Si d’ailleurs vous devez travailler dehors faites-le après une pluie.) Attention à ne pas mélanger les désinfectants, certains mélanges peuvent causer des problèmes d’irrigation des poumons et de la peau. Après quelque minutes vous pouvez commencer votre routine de travail.

2.2 L’air et les champignons

Lors de la phase de fructification, les champignons rejettent du C02 dans l’air, si la pièce est mal ventilée, cette accumulation de C02 sera favorable au développement des contaminants. Vous pouvez prévenir cela à l’aide d’une ventilation micro filtré. Certains cultivateurs utilisent des lampes UV qui s’attaquent à l’ADN des organismes. Cependant elles ne sont efficaces que si les contaminants sont directement exposés.

2.3 L’air et les contenants

Les contaminations par l’air sur les boites de pétri sont faciles à repérer par la forme circulaire qu’elles laissent en périphéries de celle-ci. Lorsque la météo fait varier la pression atmosphérique, l’air peut se dilater. Du coup, la boite de pétri peut recevoir de l’air contaminé de l’extérieur. Pour prévenir cela il suffit de celer les boites avec du cellophane ou de la paraffine.
Les boites de pétri peuvent également être souillées sur leur face lors de phase d’inoculation, ou pendant que celle ci soit coulée.

Laissez une boite de pétri « test » non ouverte et non inoculée pour savoir plus facilement si la contamination vient de l’air ambiant, de votre manque de précaution durant l’ensemencement ou de la phase de remplissage des boites.

3. Les substrats

Les substrats sont souvent sources de contaminations lorsqu’ils sont insuffisamment pasteurisés ou stérilisés.
Mais pour améliorer ces processus, vous pouvez laisser tremper le substrat dans de l’eau durant 2 à 24h. Cela permettra de faire germer les endospores que le substrat contient. Celles-ci seront plus facilement détruites par la chaleur.

Si un de vos substrats est contaminé, jetez-le rapidement. Plutôt en fin de journée, une fois que vous avez fini vos opérations de culture pour ne pas risquez de contaminer vos vêtements, surtout s’il s’agit d’un container réutilisable, et que vous devez en verser le contenu.

Pour savoir si la stérilisation est en cause, laissez un sac de culture après le processus, non ouvert et non inoculé. Si après 48 à 72h des contaminations apparaissent, c’est que le substrat a été trop peu stérilisé. Même principe pour la pasteurisation. Pour de gros volumes de substrat la stérilisation ne pourra jamais être complète, le but étant de réduire les contaminations à un niveau qui n’est plus un problème. Donc la colonisation du mycélium doit être également rapide, autour de 2 semaines, lui permettant de prendre de l’avance sur les potentiels infections. Il faut alors chercher le bon compromis entre la durée de stérilisation et la vitesse de fructification de la souche cultivée.

En savoir plus sur les différents substrat de culture ICI

4. Les outils : un grand classique des sources de contamination

Tous les outils servant à la culture des champignons sont compris. Du scalpel à l’autoclave en passant par le thermomètre.
Quand un outil est stérilisé, il faut bien penser que le récipient qui le contient ne l’est pas..
La stérilisation du matériel peut se faire par désinfection à l’autoclave, à la flamme ou avec des produits chimiques comme l’alcool ou la javel. Les mains de la personne qui transfère les objets doivent aussi être stériles.

5. L’inoculum

L’inoculum est le tissu qui va être transféré dans le substrat à coloniser. Si vous clonez une souche à partir du fruit du champignon, veillez cependant à prélever une partie interne de celui-ci. L’extérieur du champignon peut contenir des contaminants. Si votre gélose est contaminée, il faut re-isoler votre champignon cloné sur une nouvelle gélose.

Le mycélium cultivé peut aussi être infecté dans ses tissus et contaminer donc tout le reste du processus de culture. Cela peut quand même être observer sur la vitalité, le développement du mycélium, qui donnent de précieux indices sur sa santé.

6. Les unités mobile de contamination

Les unités mobile de contamination sont les macro-organismes qui apportent avec eux la contamination. Ce sont les mouches, les fourmis, les mites, etc. On peut alors les considérer comme des véhicules à bactérie, spore et autre virus. Ils transportent généralement plusieurs contaminants avec eux.

Les mites sont les plus compliqués à traiter aux vues de leurs petites tailles. Si 10% de vos cultures sont infectées, alors la seule solution viable est de réinitialiser vos cultures. Tout détruire et tout nettoyer. Pour cela utilisez deux sceaux de javel, un servant comme réservoir et l’autre pour essorer les détruits récoltés. Le sol, les murs et le plafond devraient être nettoyer 3 fois pour revenir à une contamination à un niveau gérable.

Cependant, pour prévenir ces contaminations, des tapis de décontaminations peuvent être mis en place à l’entré de votre pièce de travail.

Le cultivateur, l’air, le substrat, les outils, l’inoculum et les unités mobiles de contamination. Ces 6 sources de contamination que je vous ai présenté sont toutes à prendre en compte pour bien réussir sa culture de champignons. N’oubliez pas d’utiliser des substrats non ensemencés à chaque étapes du processus pour veiller à observer la contamination le plus tôt possible pour y remédier.

Et vous? Avez-vous déjà eut des contaminations? Quelles solutions avez-vous trouvé pour y faire face? Dites-le-nous en commentaire 🙂